Dado que você deseja remover ~~adt(something)~~ e que pode haver ~~(something different)~~ em outras linhas (não mostradas na pergunta):
$ sed 's/~~adt[^~]*~~//g' file.in >file.out
Para os dados fornecidos, isso gerará
478|14395189_p0.jpg
479|44836628_p0.jpg
480|Miku_Collab_2_by_Luciaraio.jpg
Alterando o adt da última linha para xxx , o comando gera
478|14395189_p0.jpg
479|44836628_p0.jpg
480|~~xxx00000aae~~Miku_Collab_2_by_Luciaraio.jpg
O padrão ~~adt[^~]*~~ corresponderá a todas as ocorrências de ~~adt seguidas por qualquer número de caracteres que não sejam ~ e, em seguida, ~~ novamente. O /g no final garantirá que todas essas correspondências em todas as linhas sejam removidas.