cd /etc/shinken/services
rm ./~
Não há muito a dizer sobre isso realmente. Especificando ./ na frente de ~ você para o shell de executar a expansão do til, e ele será tratado como o nome de um arquivo no diretório atual.
Outra opção teria sido
cd /etc/shinken/services
rm '~'
ou apenas
rm /etc/shinken/services/~
No Vi e no Vim, :x funcionará como :wq e gravará o arquivo antes de sair. Anexando um nome de arquivo ( ~ neste caso), o arquivo com o nome dado será gravado. A diferença entre os dois comandos é que :x apenas grava o arquivo se o buffer atual tiver sido modificado desde o último salvamento. O ! substitui a gravação em um arquivo somente leitura.