$ sed 's/,,*$//' input
Isso substituirá todas as vírgulas no final da linha por nada (elas serão excluídas).
,,*$
corresponderá a uma ou mais vírgulas no final da linha (literalmente "uma vírgula e, em seguida, zero vírgulas ou mais").
A outra maneira de fazer isso é corrigir a coisa que produz os dados para que não produzam campos vazios.