Você definitivamente precisaria remover as entradas de /etc/fstab de montagem dessas duas partições, mas provavelmente existem programas que esperam encontrar coisas em /var , portanto, se você ainda não a tiver sobrescrito, e conhecer os limites dessa partição, tente recriá-lo e copie o conteúdo para um subdiretório de / (nessa partição) e renomeie para /var quando estiver no modo de manutenção (não tenho idéia se algo mais estará em /var em Nesse caso, nesse caso, será complicado).
E no futuro: por favor, não exclua partições sem saber com certeza que elas não são usadas.