Eu recebi este erro porque estou rodando o Fedora com o Wayland, que aparentemente não suporta a execução de aplicativos sob um usuário diferente ( link ).
No entanto, você pode conseguir facilmente o que deseja (editando um arquivo que é de propriedade de root) com o seguinte comando:
atom admin://path/to/file
Em outras palavras: basta prefixar admin://
em um caminho que precise de privilégios de root.
Então, novamente, isso pode não funcionar para você, já que o gedit parece estar bem. (No meu caso também falhou.)