POSIXly:
awk 'ORS = NF ? " " : "\n\n"' <file
Isso torna a última linha um espaço à direita. OU:
awk 'BEGIN{RS=""; ORS="\n\n"; OFS=" "};{$1=$1};1' <file
dê uma linha em branco à direita.
Uma maneira melhor, usando paste
:
paste -sd' \n\n' file