tente
awk 'NF>1 { var=$1 ; $1 = "" ; printf "%s=\"%s\"\n",var,$0; }' file.conf > script.sh
essa linha do awk basicamente usa o primeiro arquivo (quando mais de dois) como nome do var, e o restante da linha como valor (daí o truque $1=""
sujo).
De acordo com a sugestão de Terdon, o valor fornecido não tem espaço.
awk '{print $1 "=" $2 }' file.conf > script.sh