Estas são as dependências de tempo de execução nos pacotes que você está realmente tentando atualizar (ou seja, o software que você solicitou usa-os diretamente ou os usa indiretamente por meio de um pacote secundário que usa a dependência dada).
As versões mais recentes dos pacotes que você está tentando acessar às vezes se vincularão a versões específicas do software das quais dependem ou serão projetadas com uma determinada versão de software em mente, portanto, "Atualizar para Dependências" significa que, para ter o software que você solicitou ser instalado / atualizado, precisa atualizar esses outros pacotes, caso contrário, o software que você fez solicitar pode se comportar de forma errática (se for o caso).
O conceito análogo no mundo do Windows são produtos de software ou patches dos mesmos que exigem service packs específicos já instalados. Em outras palavras, o software tem uma dependência de tempo de execução nesse service pack.
Como exemplo mais direto, muitos aplicativos listam o glibc como uma dependência. Se você tem atualmente uma versão do glibc, mas tenta instalar uma versão que foi compilada em uma versão atualizada, o yum automaticamente descobrirá (via metadados) que precisa atualizar o glibc então instala o pacote que você pediu para.
Quanto às razões pelas quais ele é discriminado separadamente, é apenas para fins de clareza. Se yum de repente lhe mostrou uma enorme lista de softwares que estava prestes a instalar, você pode dizer "Não, não não, não foi isso que eu pedi para você fazer!" e acho que algo deu errado (como um bug ou algo assim). Posicionando-os separadamente como dependências, você saberá: "Não, está tudo bem, só precisamos atualizar esses pacotes para chegar ao que você pediu".
IIRC também existe uma categoria "Instalar para dependência" que lista o novo software de forma diferente, para que você possa ver quando ele é introduzido por meio de uma atualização do sistema versus apenas quando forçou uma atualização de um pacote já instalado.