Embora não tenha conseguido descobrir o erro, a diferença nos comandos parece ser principalmente a seguinte:
apt-get download apache2
baixará apenas o .deb no wd atual
Portanto, após o download, a execução de dpkg -i <filename>.deb provavelmente falhará devido a dependências ausentes
apt-get install --download-only apache2
fará o download das respectivas .deb e de suas dependências em /var/cache/apt/archives/ , quando o cache de pacotes estiver concluído;