Para PS, a porcentagem de CPU é baseada na vida útil do processo. Basicamente (hora do usuário + hora do sistema) / (agora - hora de início do processo).
Portanto, 5% significa que o processo tem incomodado a CPU em 5% do tempo de vida útil.
O Top faz isso de forma diferente, é baseado no tempo de atualização do topo. Então, na maioria das vezes, esses números não coincidem.