Depois de fazer algumas pesquisas sobre este tópico, descobri que os atuais ambientes de desktop estão causando o problema (eles desenham o Desktop sobre o desktop raiz ou algo parecido. Verifique isto para mais informações).
Então eu pesquisei mais sobre esse problema e encontrei algo no launchpad . Ainda não consigo resolver meu problema.
Finalmente encontrei algo útil no fórum de discussão do linux e blog da vida real . Então aqui está o que eu fiz para ver esses pingüins andando (e fazendo feliz) no meu desktop.
1. Instale openbox usando sudo apt install openbox obconf
2. Efetue logout de sua sessão atual e inicie uma sessão de caixa aberta (no Linux Mint eu posso fazer isso por session -> openbox e depois logar).
3. Clique com o botão direito do mouse em qualquer local e inicie o terminal. Digite xpenguins (se ainda não estiver instalado, faça sudo apt install xpenguins ) e os pinguins aparecerão sem nenhum problema.
4. Para matar esses pinguins bonitinhos, clique em CTRL-C .