Se você tiver o GNU find, você pode fazer:
find /path/to/directory -type f -printf "%h\n" | uniq -c
Por exemplo:
$ find /etc/skel /etc/profile.d /etc/resolvconf -type f -printf "%h\n" | uniq -c
10 /etc/profile.d
1 /etc/resolvconf
2 /etc/resolvconf/resolv.conf.d
1 /etc/resolvconf/update.d
1 /etc/resolvconf/update-libc.d
6 /etc/skel
%h
imprime o nome do diretório do arquivo correspondente, então, depois disso, é uma simples questão de fazer com que uniq
conte o número de vezes que o nome da pasta foi duplicado.