Extrai linhas contendo um padrão

Question

Eu quero extrair todas as linhas em um arquivo contendo esses padrões: "# 1:" e "comprimento da árvore para".

Entrada:

#1: nexus0002_Pseudomonas_10M     

 branch          t       N       S   dN/dS      dN      dS  N*dN  S*dS

   6..5      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   6..7      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2
   7..1      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   7..4      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   6..8      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   8..2      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2
   8..3      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2

tree length for dN:       0.0023
tree length for dS:       0.0341

#1: nexus0003_Pseudomonas_10M     

 branch          t       N       S   dN/dS      dN      dS  N*dN  S*dS

   6..5      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   6..7      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2
   7..1      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   7..4      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   6..8      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   8..2      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2
   8..3      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2

tree length for dN:       0.0111
tree length for dS:       0.0444

Saída:

#1: nexus0002_Pseudomonas_10M     

tree length for dN:       0.0023
tree length for dS:       0.0341

#1: nexus0003_Pseudomonas_10M

tree length for dN:       0.0111
tree length for dS:       0.0444

Existe alguma solução sed simples?

    

Answer 1

Use grep

grep -E "^#1:|tree length for" infile.txt 

ou sed

sed -n '/^#1:/p;/^tree length for/p' infile.txt 

    

Answer 2

A partir dos dados que você forneceu, parece que você deseja obter todas as linhas que começam com um caractere não em branco:

$ grep '^[^[:blank:]]' file.in
#1: nexus0002_Pseudomonas_10M   
tree length for dN:       0.0023
tree length for dS:       0.0341
#1: nexus0003_Pseudomonas_10M   
tree length for dN:       0.0111
tree length for dS:       0.0444

com sed :

$ sed -n '/^[^[:blank:]]/p' file.in

Em grep e sed , [[:blank:]] corresponderá a um único espaço ou caractere de tabulação. [^[:blank:]] com, portanto, corresponde a qualquer caractere que não seja um espaço ou uma tabulação. Colocar ^ na frente disso ancora o padrão ao início da linha.