A página man man limits.conf
afirma:
In general, individual limits have priority over group limits, so if you impose no limits for admin group, but one of the members in this group have a limits line, the user will have its limits set according to this line.
Assim, a regra específica do usuário teria precedência sobre o padrão. Você precisaria reiniciar os serviços para que as alterações entrem em vigor, pois os limites são por sessão.
Aumentar o limite não requer necessariamente mais recursos. Seria útil executar alguns benchmarks se você está preocupado com o desempenho, então você pode identificar onde estão os gargalos, se houver algum.