Tente isso;)
user="jonnDoe"
dbname="customers"
password="VerySecret"
mysql -u $user -D $dbname -p $password -e "select Col1 from Table1 where Condition;" > /home/$user/queries/Col1Table1Cond
mysql -u $user -D $dbname -p $password -e "select Col5 from Table2 where Condition;" > /home/$user/queries/Col5Table2Cond
Uma prática melhor é configurar o arquivo mysql /etc/mysql/my.cnf
com a senha dentro, desta forma, não é necessário inseri-lo a cada vez:
[client]
password = your_password
Neste último caso, remova todas as coisas relacionadas à senha do script anterior