A ferramenta que você acha que está procurando é zerofree
, conforme descrito nesta questão duplicada Limpa o espaço não utilizado com zeros (ext3, ext4) e já está disponível na maioria das distribuições.
No entanto, você parece estar perguntando como fazer um backup de imagem de um sistema de arquivos que exclui blocos não utilizados. Neste caso, use fsarchiver , conforme descrito em esta resposta no site do AskUbuntu .