Evince está atualizando o pdf automaticamente. Não há necessidade de reiniciá-lo. Pelo menos o meu faz no Debian 8.1.
Quando não está mais recarregando automaticamente, talvez você tenha ficado sem relógios inotify. Aumente com:
echo fs.inotify.max_user_watches=100000 | sudo tee -a /etc/sysctl.conf; sudo sysctl -p
A mina está definida para 65536 por /etc/sysctl.d/30-tracker.conf
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