tente desativar a composição de exibição nos ajustes do gerenciador de janelas *, parece haver um problema ou desative somente as janelas de sobreposição de tela cheia diretamente *
pelo menos tente desativar tudo relacionado ao desktop 3D e veja se isso resolve o problema
- isto está no xubuntu 12.10 (XFCE) mas pode ser o mesmo para você também, espero que minha resposta ajude