A substituição pode incluir /
:
cp /path/{foo/foo,bar/bar}.txt
é equivalente a
cp /path/foo/foo.txt /path/bar/bar.txt
Uma abordagem alternativa seria pesquisar e substituir; isso funciona desde que "foo" não contenha barras:
set /path/foo/bunch/of/stuff/foo.txt; cp $1 ${1//foo/bar}