Como você instalou o PHP 5.5 em primeiro lugar? Como a versão padrão do PHP no RHEL e no CentOS 6 é PHP 5.3.3 e instalar o suporte a mcrypt seria tão simples quanto instalar o pacote php-mcrypt.
Se você criou o PHP a partir do código-fonte, você instalou o pacote libmcrypt-devel
rpm antecipadamente e incluiu o suporte mcrypt em suas opções ./configure
?
A maneira nativa de obter versões atualizadas para alguns componentes de desenvolvimento da web é através do Coleções de software do RHEL que você pode ativar com muito mais facilidade em CentOS com:
yum install centos-release-SCL
Mas no que diz respeito ao PHP que apenas lhe dá o PHP 5.4.
Um número de repositórios yum de terceiros fornece o PHP 5.5, como o Webtatic que fornece suporte a mcrypt no php55w-mcrypt
pacote.