Tanto gksu como gksudo passam sua senha para sudo . Tente executá-los em um terminal com a opção --debug :
gksu --debug gedit
Você notará que eles executam sudo com a opção -H (assim como -u e -p para nome de usuário / senha e -S opção para evitar um terminal).
Portanto, você só precisa usar sudo -H em vez de gksu ou gksudo .