USB 2.0 ou 3.0 é uma especificação de hardware e tem pouco a ver com o sistema operacional. Não há como rebaixar (ou atualizar) uma versão USB específica. O que você pode fazer é conectar seu dispositivo em um hub 2.0. USB 3.0 é totalmente retrocompatível com dispositivos 2.0 e 1.1, mas alguns glichs podem aparecer na implementação do kernel da especificação, em tais casos é melhor relatar um bug ao seu bugtracker de distribuição, no caso do Ubuntu, link