Verifique se o script para fins de linha do Windows está efetuando login no servidor e executando
cat -v /path/to/script
Se a linha terminar com ^M
, esse é o problema.
Você pode corrigir um arquivo com finais de linha quebrados executando
dos2unix /path/to/script
Se o dos2unix não existir no servidor, você pode usar o sed, assim:
sed -i 's/\r$//' /path/to/script