Geradores de números aleatórios de software não são a única fonte de entropia no sistema. Na verdade, eles não são fontes de entropia - os software RNGs usam fontes externas de entropia para fornecer entropia ao sistema. A fonte real é sempre uma física (seja um RNG de hardware dedicado, sensores de temperatura, entrada de áudio, tempo de pacotes de rede, entradas de usuário ou mesmo os estados internos da CPU (que para uma CPU virtual não são estritamente" físicos "em algum sentido) - você nomeia isso.
Agora, como para a sua pergunta: como Mat menciona em seu comentário, a maioria dos bugs é devido a desleixada design / codificação (/ testes) - eu iria tão longe a ponto de dizer que é 100%. Meu palpite é que seu código está experimentando algum tipo de condição de corrida que é tratada mal (se é que é). Então, em certo sentido, é relacionado a entropia (como condição de corrida é um evento aleatório). Culpar um RNG é uma afirmação ousada, pelo menos - a menos que você esteja usando números aleatórios para ativá-lo, caso em que parece mais um recurso.
A propósito, se um RNG quebrado fosse a causa de seus problemas, você os veria de maneira bastante previsível. Em relação ao erro do Debian OpenSSL - eu não acho que nenhuma outra distribuição além das baseadas no Debian (incluindo o Ubuntu) tenha sido atingida por ele. No entanto, o erro em si é bastante educativo da perspectiva de como isso poderia ter acontecido em primeiro lugar.