Não há uma resposta para sua pergunta, pois você pode colocá-la onde quiser. É uma questão de gosto e opinião (estética) que não se resumem a uma única resposta correta.
Eu provavelmente os colocaria em algum lugar abaixo de /usr/local . Para scripts que deveriam ser executados apenas pelo superusuário, eu provavelmente os colocaria em /usr/local/sbin . Para scripts destinados a usuários regulares do seu sistema, eu os colocaria em /usr/local/bin .
De uma perspectiva histórica /usr/local ainda parece um bom lugar para colocar coisas que são, eh, "locais".