Sua CPU não está tão carregada. Está mostrando apenas ~ 13%. Seu HDD (/ dev / sdb) está um pouco ocupado:
Device: rrqm/s wrqm/s r/s w/s rkB/s wkB/s avgrq-sz avgqu-sz await svctm %util
sdb 35.80 377.40 656.80 237.00 3714.40 2457.60 13.81 1.34 1.50 0.17 14.96
A carga reportada no topo @ ~ 4.81 apenas significa que há uma média de ~ 4 processos em um estado pronto para execução e estão aguardando que os recursos do sistema fiquem disponíveis para que possam ser executados.
Os processos "defuntos" são provavelmente o seu problema, eles provavelmente estão bloqueando algum recurso para todos os outros processos.