O GRUB não tem nada a ver com serviços. Ele apenas inicia seu kernel e, depois, o papel do GRUB é finalizado, então houve outras modificações que mudaram a lista de serviços que estão iniciando na inicialização do sistema.
Basta adicionar proftpd
aos serviços iniciados automaticamente. Você poderia fazer isso usando update-rc.d proftpd defaults
.
Se você tem agora o GRUB 0.9.x (GRUB Legacy) e você optar por não atualizá-lo para o GRUB 2, não há razão para mudar essa decisão. Não há alterações no GRUB 2 que façam diferença real.