Sua pergunta é um pouco genérica demais aqui.
Um exemplo:
sed 's/..\(.*\(..\)\)//'
Substituiria os dois primeiros caracteres de cada linha pelos dois últimos (somente se houver pelo menos quatro caracteres nessas linhas).
$ echo abcdef | sed 's/..\(.*\(..\)\)//'
efcdef
O truque é usar \(...\)
para capturar o que está sendo correspondido e usá-lo na peça de substituição como ,
...