Se você quiser copiar apenas a coluna 9 para a coluna 11, isso pode ser feito com um script como este:
awk 'BEGIN {FS="~"; OFS="~"}{$11=$9; print}' <filename>
Se o primeiro arquivo tiver apenas uma linha, você poderá fazer algo como:
awk -v val=$(awk -F\~ '{print $9}' <filename b>) 'BEGIN {FS="~"; OFS="~"}{$11=val; print}' <filename a>