Nada do que eu penso poderia normalmente remover um diretório chamado assim. Você excluiu por engano ou se foi devido a corrupção de disco ou seu site foi comprometido e foi removido maliciosamente.
Se estiver relacionado à corrupção de disco, você pode fazer um fsck
e, em seguida, procurar no diretório lost+found
dessa partição - alguns arquivos podem ser recuperados.
Se você não encontrar nada desse jeito, você pode tentar extundelete ou TestDisk para recuperar alguns dados.