Talvez use o awk para extrair as linhas "[Perfil]" e então processe os bits "[Perfil ...]", depois classifique os resultados numericamente, mantendo apenas o último (mais alto) um:
highest=$(awk '/^\[Profile[0-9]+\]$/ { s=substr($0, 9); sub("]","", s); print s}' < /home/$myuser/.mozilla/firefox/profiles.ini |sort -n | tail -1)
highest=$((highest + 1))
printf "[Profile%d]
Name=NewProfile
IsRelative=1
Path=NewPath" "$highest" >> /home/$myuser/.mozilla/firefox/profiles.ini