Você precisa incluir o nível superior / foo. Veja um exemplo anterior A solução deve ser:
wget --continue -r --exclude-directories=/toplevel/foo/ARCHIVE/ ftp://domain.com/toplevel/
Por algum motivo, prefiro:
wget --continue -X /toplevel/foo/ARCHIVE/ -r ftp://domain.com/toplevel/
Para excluir todos os diretórios ARCHIVE nos dois primeiros níveis principais, faça:
wget --continue -X */*/ARCHIVE/ -r ftp://domain.com/toplevel/
mas isso é preferência pessoal.