Ignorando o cabeçalho e assumindo que o texto no arquivo não possui espaços no início da linha (existe na sua pergunta):
$ sed -e 's@/Proj/abc/\([^/]*\)/\([^/]*\)/conf/@,,@' file
-------------PATH AND FILE NAME--------,USER--,DATE-----,TIME---,STATUS
app,app_pit,HUB_TEST.apx,uJones,4/24/2018,5:55:58,OK
app,app_pit,test_acqit1.apx,uSmith,3/8/2018,10:16:41,OK
app,app_pit,test_bkfs.apx,uHarry,/26/2018,9:47:03,OK
O comando sed
captura as sequências app
e app_pit
(que, suponho, podem variar) e substitui o caminho nos dados originais por vírgulas entre elas, deixando o último bit do caminho como seu próprio campo.
Redirecione isso para um novo arquivo e, em seguida, corrija o cabeçalho (se necessário).