A documentação do ArangoDB diz
/etc/init.d/arangod stop
E continua dizendo
The exact commands depend on your Linux distribution. You may require root privileges to execute these commands.
A partir dos comentários, fica claro que a versão do ArangoDB que você está usando fornece um script com um nome ligeiramente diferente do acima, então
/etc/init.d/arangodb3 stop
é o caminho a percorrer para você.