Essas portas são para TCP / UDP, que são protocolos executados na parte superior do IP. Então as coisas devem ser iguais, qualquer que seja a versão do IP que você está usando.
O IPv6 tem os requisitos de superusuário 0-1024 para portas? Eu vi no changelog para o Linux 4.11 que eles adicionaram uma opção sysctl para alterá-lo, mas ele só o lista em IPv4.
O Open / FreeBSD também tem essa restrição no IPv6?