Para uma correção completa e adequada, provavelmente você está olhando para restaurar a partir de um backup (você fazer tem um backup, certo?) ou reinstalar. Basta fazer um ad-hoc find /usr/lib -type f -exec ls -l "{}" \; | grep '^-..x..x..x' em um dos meus boxes mostra uma vasta dispersão de não-diretórios que devem ser executáveis em seu host. Mas não tudo é para ser executável.