Faça o script de inicialização fazer o cd antes de executar mjpg_streamer , assim como você está fazendo manualmente:
#!/bin/sh
cd /home/geilisa/mjpg-streamer
./mjpg_streamer -i "./input_raspicam.so -fps 5" -o "./output_http.so -p 8090"
Isto supõe que o seu diretório pessoal é /home/geilisa .
Você não pode usar ~ no script, pois é provável que seja executado por root. Se a execução do utilitário como raiz for um problema, use sudo -u gelisia ./mjpg_streamer ... no script para executá-lo como usuário gelisia .
Uma alternativa é adicionar um trabalho cron que seja executado na inicialização:
@reboot cd /home/geilisa/mjpg-streamer && ./mjpg_streamer -i "./input_raspicam.so -fps 5" -o "./output_http.so -p 8090"
Adicione isto no seu crontab usando o comando crontab -e . Isto irá abrir um editor com o seu crontab (possivelmente um arquivo vazio). Adicione a linha acima, salve e saia.
A maioria dos cron's que eu conheço permite usar @reboot (e @hourly , @daily etc.) em vez das cinco colunas de agendamento de tarefas que geralmente vão antes do comando real.