Desde que as partes concordem sobre o que é assinado e como ele é formatado, não importa como a concatenação é feita. Eu incluiria as linhas BEGIN e END também, para ajudar a separar as partes umas das outras.
A propósito, no protocolo STS que eu conheço não inclui assinar a concatenação de chaves públicas . Esta questão também pode pertencer melhor em crypto.stackexchange.com do que aqui.