Sim, existe o comando rsync
com a opção -r
(cópia recursiva).
rsync -r /path/in/source/dir*/*.ext /path/to/destination
Você pode até mesmo usar a opção --exclude
para excluir subdiretórios e estruturas de diretórios.
rsync -rv --exclude='*/' /path/in/source/dir*/ /path/to/destination/
Ou com subdiretórios:
rsync -rv --exclude='*/*' /path/in/source/dir*/ /path/to/destination/
Você também pode usar o comando scp
scp -r /path/in/source/dir*/*.ext /path/to/destination