O arquivo /etc/apt/apt.conf
ainda é lido, se existir. A configuração apt fornecida pelos pacotes é instalada como arquivos separados em /etc/apt/apt.conf.d/
, para que possa ser adicionada e atualizada independentemente de quaisquer alterações locais feitas no arquivo de configuração principal.
Então, se você tiver alterações na configuração local, basta criar o arquivo.