Existem muitos programas de linha de comando do Linux que fazem esse trabalho. Um casal, o mais famoso, é geralmente conhecido como:
%código%
shred (que contém vários programas para excluir com segurança)
E algumas distribuições (especialmente as orientadas para a segurança) ainda têm algumas funções incorporadas nativamente, por exemplo, no shell do explorador.
Então, essa não é a parte importante ou difícil de resolver. A questão mais crucial é: que tipo de meio de armazenamento você usa e como ele é formatado?
Você usa o Linux que formatou todo o seu disco rígido como ext4, de acordo com os padrões? Então vá em frente, você não tem nada a temer.
Mas talvez você use um disco rígido com um sistema de arquivos BTRFS, ZFS ou semelhante? Então você tem um problema maior, porque os arquivos são especificamente copiados para backup e muito difícil de ser excluído nesses sistemas de arquivos.
Você usa um sistema RAID? Devido à distribuição sistemática de dados armazenados, ele causará problemas similares como os sistemas de arquivos acima.
Ou você usa um SSD? Isso é totalmente outro tópico também.
Então, isso realmente depende dessas questões que operação de qual programa você realmente precisa. Uma vez que você descobre que sua configuração é parte de uma das respostas acima mencionadas, exceto a primeira, então você tem que escolher o método certo para o seu sistema específico. Se você tiver o sistema padronizado mencionado na primeira resposta, poderá usar as ferramentas padrão. Há também muito mais a emissão do mesmo trabalho. Você poderia, teoricamente, até manualmente usar um programa como dd ou algo similar para substituir uma parte de um bloco de disco por bloco repetidamente.