No momento em que eu digitei a pergunta, eu mesmo descobri. Talvez outra pessoa esteja curiosa também.
A saída de mount é enganosa. A partição é montada somente em /mnt/stateful_partition e /home e /usr/local não estão montados na mesma partição, mas parecem ser mount --bind para os diretórios dev-image e home em /mnt/stateful_partition .
Acompanhamento: eu abri um problema no Github para sugerir um modificação para este comportamento.
Resultado: Como aprendi com esta conversa O problema era, como tantas vezes, entre a cadeira e o teclado. mount não é o comando correto, se alguém quiser ver a SOURCE de um diretório. Mostra apenas a partição onde os dados estão armazenados, sem informações de estrutura.
A solução é usar findmnt em vez de imprimir uma boa árvore de diretórios e sua origem.