O ambiente é copiado no espaço de endereço do processo quando o processo é criado. Mudanças no ambiente afetam apenas os processos recém-iniciados, você não pode alterar o ambiente de um programa em execução do lado de fora.
Você precisará de algum tipo de mecanismo de comunicação entre processos (IPC, interprocess communication) para o que você está tentando alcançar, ou simplesmente escrever um novo valor em um arquivo e fazer com que seu programa pesquise o conteúdo do arquivo.