O Linux não é o Windows. Existe uma diferença fundamental entre os dois.
No Linux, uma instalação adequada de aplicativos deve seguir algo como este documento. link
Ele deve permitir o compartilhamento de bibliotecas e "código" para que, por exemplo, o player de música e o player de filme possam usar a mesma biblioteca "make sounds".
O Windows "pode" fazer isso também, mas muitas vezes não. Mais comumente executáveis no Windows são empacotados com suas dependências. No Linux, apenas o executável é empacotado. Bibliotecas são marcadas como dependências. Sistemas como apt estão lá para resolver automaticamente essas dependências. Seu pacote "R" provavelmente está mal definido ou não está instalado via apt.
Então, use o apt para instalar pacotes ou use o instalador de pacotes para localizar e instalar dependências.
O bundler de Ruby faz um bom trabalho com isso. R aparentemente está lhe dando problemas.
Você não pode instalar um pacote através de um gerenciador de pacotes e esperar que o outro saiba sobre suas dependências.