A leitura do código-fonte 'at' é um patch bastante trivial para alterar o cabeçalho de correio que o comando at cria para incluir um campo de tipo de conteúdo.
A resposta completa pode ser adicionar uma variável de ambiente, por ex. AT_CONTENT_TYPE ou um argumento de linha de comando, por exemplo -c que o comando at verifica e valida o valor contra dois valores permitidos sendo "simples" como o valor padrão e "html" como a alternativa válida.
É claro que isso tornará sua implementação não compatível com a especificação especificação POSIX para assim você se beneficiará copiando e renomeando o comando compatível com a Licença Pública Geral GNU.