As mensagens mostram que você tem um conflito entre um pacote de 32 bits e um pacote de 64 bits. Isso poderia ter acontecido como resultado da mistura de repositórios de diferentes lugares (não há informações suficientes na questão para esclarecer isso).
No entanto, você pode remover o pacote 32-bit sem atrapalhar nada do que realmente precisa. Em vez de
yum remove gnutls
se você fez
yum remove gnutls.i686
você verá uma lista menor, talvez pequena o suficiente para decidir remover esses programas - talvez temporariamente - e depois fazer a atualização. Se os pacotes removidos incluíssem algo que você precisava, você poderia adicioná-lo novamente nesse ponto.
Leitura adicional: