Para compatibilidade entre diferentes softwares principalmente. Se você instalar um aplicativo que queira armazenar arquivos em /etc/rc.d/rc, mas seu sabor * nix não tiver um /etc/rc.d/rc, seu aplicativo vai reclamar e provavelmente não irá comece corretamente. Dessa forma, os aplicativos podem armazenar seus arquivos em qualquer número de locais relativamente padrão e eles provavelmente serão encontrados quando o sistema procurar onde eles esperam.