Respondendo a minha própria pergunta: no gentoo você tem que construir o urxvt com os flags unicode3 e vanila USE, e sem o sinalizador alt-font-width
Atualização 17 de fevereiro 17:
Desde a pergunta original eu troquei meu laptop e fiz a configuração em um gentoo moderno do zero.
Aqui está o que eu levei para ter os personagens powerline que eu preciso (não todos eles) e os personagens nacionais junto com Inconsolata no urxvt.
Não estou dizendo que esse é o jeito certo de fazer isso. Este tópico é muito discutível, porque a maioria dos emuladores de terminal implementam hacks para fazer esses trabalhos prontos, mas o urxvt não o faz, afirmando que são as fontes que são o problema, não o emulador. O Gentoo adiciona patches ao urxvt para "suportar" esses caracteres, basicamente adicionando o hack que os autores de urxvt acham ruim. Então, eventualmente, há mais de uma maneira de fazer isso.
Em um gentoo vanilla você precisará dos seguintes flags de uso para urxvt: (por favor, use o seu bom senso para filtrar sinalizadores que não estejam relacionados a fontes e não copiem cegamente os meus)
[I] x11-terms/rxvt-unicode
Available versions: 9.21^t ~9.22^t **9999^t {256-color alt-font-width blink buffer-on-clear fading-colors +focused-urgency +font-styles iso14755 +mousewheel +perl pixbuf secondary-wheel startup-notification unicode3 +vanilla wcwidth xft}
Eu usei as instruções originais do powerline aqui: link (o "fontconfig "método). (Existe uma ebuild powerline no portage, mas não faz nada para mim)
Mas isso só me deu metade dos símbolos, então eu também baixei uma fonte com patch (eu usei código de molho) como último recurso. Minha configuração de fonte em .Xresourses é assim:
URxvt*font: xft:inconsolata:size=10:antialias=true,xft:DejaVu Sans:size=10:antialias=true,xft:Sauce Code Powerline:antialias=true:hinting=true:size=9
O DejaVu Sans é para letras cirílicas, se você não precisar delas, pode acenar. Isso me dá todos os símbolos (inconsolata corrigido dá resultados ruins).