Não é possível fazer com que o Ubuntu entenda os caminhos dos arquivos do Windows. Você pode, no entanto, instalar o Wine e executar o programa no Wine para obter os caminhos de arquivos do Windows. O Wine é uma espécie de camada de tradução do Windows para executar programas do Windows em um ambiente Unix (traduzindo solicitações baseadas no Windows em algo que o Unix pode entender). Se isso funciona depende do programa que você está tentando executar.