Também vejo isso ao usar aplicativos baseados em Java.
Eu rastreei este problema até o Java não nulo terminando a cadeia WM_CLASS. Mutter parece retornar esta string inválida como resultado e o gnome-shell usa essa string inválida para corresponder ao nome do aplicativo que obviamente falha.
É um bug em Java, já que a cadeia WM_CLASS deve ser terminada em null. Não tenho certeza do que mudou no mutter para expor esse problema, pois funcionava anteriormente.